Siguiendo las recomendaciones de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH), la Secretaría de Medio Ambiente, a través de la Dirección de Biodiversidad, está llevando a cabo el Programa de Acciones de Saneamiento del río Atoyac. Una de las estrategias implementadas es la propagación vegetal de especies forestales y ornamentales utilizando germoplasma nativo del Estado.
El objetivo principal de esta iniciativa es donar especies vegetales a los municipios ubicados en la Cuenca del Alto Atoyac, siempre y cuando cumplan con características fisio morfológicas adecuadas y puedan sobrevivir de manera aceptable en su entorno natural. Esto se debe a los problemas que enfrentan los ecosistemas forestales de la región, como el pastoreo excesivo, los incendios forestales y los problemas fitosanitarios.
El cambio de uso de suelo es una de las principales amenazas para la pérdida de cubiertas forestales en el Estado de Tlaxcala, especialmente en áreas de gran relevancia ecológica y ambiental, como el Parque Nacional Malinche, la Región Norte-Noreste y la Zona Poniente, donde se han registrado avistamientos de luciérnagas.
Entre los municipios que forman parte de la Cuenca del Alto Atoyac se encuentran Cuaxomulco, Españita, Ixtacuixtla, Lázaro Cárdenas, Nativitas, Panotla, Tenancingo, Xiloxoxtla, Teolocholco, Tlaxcala, Tlaxco, Tzompantepec, Xaloztoc, Yauhquemehcan y Tocatlan, la Dirección de Biodiversidad les ha donado un total de 30,850 plantas forestales y 14,945 plantas ornamentales a estos municipios, logrando reforestar un total de 72.76 hectáreas con una densidad de 650 plantas por hectáreas.